（1）培育新品种和种质系：
打破种属间界限，促进基因渐渗和交流，把不同生物的独特性状结合于杂种个体中，创造新品种。
品种资源无法满足育种目标要求，引入异属（种）的有利基因，培育出具有优异性状的新品种。
高产、优质、早熟和抗病虫抗逆境等性状的突破。
（2）创造新作物类型：
小黑麦—普通小麦（AABBDD）与黑麦（RR）杂交，经F1染色体加倍育成八倍体小黑麦AABBDDRR）。
（3）创造异染色体系：
导入异源染色体或片段，创造异附加系（alien addition line)，异替换系（alien substitution line)和易位系（translocation line)用以改良现有品种。
（4）诱导单倍体：
远缘花粉在异种母本上不能受精，刺激母本卵细胞分裂，诱导孤雌生殖，产生母本单倍体；
两个远缘亲本因细胞分裂周期不同，其杂种会排除亲本之一的染色体，产生单倍体植株。
（5）利用杂种优势：
利用远缘物种细胞质差异发掘细胞质雄性不育系。
细胞质不育与核恢复基因相伴而存，无法在表型上识别。通过远缘、亚远缘杂交、回交可将细胞质不育与核不育结合在一起，获得核质互作雄性不育。
（6）研究生物的进化：
许多物种是通过天然的远缘杂交演化而来的。如普通小麦（由二粒小麦与山羊草）。
根据远缘杂交的可交配性、细胞遗传学（染色体配对）、DNA同源性、性状互补程度等方面的研究，判断物种的进化和确定物种间的亲缘关系，有助于进一步阐明某些物种或类型形成与演变的规律。

选择群体中两极端类型个体随机交配，形成新的群体后再选择的方法。

指核基因之间的互作以及核质之间的互作产生的优势。

是指某物种的一对或几对染色体被另一物种的一对或几对染色体所取代而成的新类型个体。