危害之一是宗藩对皇权的威胁。皇室宗亲被封为藩王，不仅拥有封地的利益，而且拥有兵权。藩王的地位仅次于皇帝，所有朝中大臣都必须以君臣之礼见藩王。虽然永乐帝对于宗藩有了防范，削去了藩王的兵权，对他们的行动有所限制，但是对宗藩在政治和经济上的优待却没有减少，宗藩仍然有相当的势力。像朱棣那样的反叛行为并没有真正绝迹。
危害之二是给朝廷带来的巨大供应压力。明朝宗室后代祖制不许从事士农工商任何行业，全部由国家养起来，并且明朝实行对宗室高爵厚养制度。开国之初，宗室人少，负担较轻，之后宗室人口不断膨胀，给明朝的财政造成巨大压力，越到后期越严重，成为削弱国家实力的一个重要因素。
危害之三是这样的宗藩制度，实际上对朱氏子孙也不是好事。大量的宗室不农不商也不仕，大批沦为废物，一些有才干的人也因得不到起用而郁郁一生。这从总体上，不利于整个家族。
明朝制定这样的宗藩制度的原因在于朱元璋。朱元璋是一个具有明确“家天下”意识的皇帝，因此在制度安排上有意赋予王朝朱氏家族的意味，不加任何掩饰。朱元璋开创的宗藩制度对于朱家子孙格外照顾。这个制度有两个原则，一是亲亲尊荣原则，即凡是皇族无论亲疏都是最尊贵的，必须得到最好的待遇；二是家族护翼原则，即朱家的天下，要靠朱家子孙来护卫。在这样的原则指导下，明朝便有了这样的宗藩制度。