第一，在基本行政架构之外，除了前人所设的各种附属性质的监、寺，元朝还设置有专门负责蒙古事务的机构，分管各部蒙古领地。除此之外，元朝的太后，皇后，诸皇子拥有各自的领地和事务，管理这些事务的机构，也都列为政府机关。还设置了专门管理宗教事务的机关，即宣政院和大僖宗院。
第二，尽管设置了很多安置各族（主要是汉人）读书人的负责文翰等事的专门机构，但他们只起咨询或点缀的作用。这些读书人很难进入中书省担任要职，其地位也不高。
第三，尽管机构繁复，但是制度化水平不高。即使核心机构，也存在几兴几废的动荡。比如为了强化税收，尚书省凡三次复辟，每当复辟发生，中书省的职权就悉数归到尚书省。这样一来，往往引起整个体系的反弹，结果再撤掉尚书省恢复旧制。
第四，元朝的六部机构特别庞大，是所有行政事务的总汇机关，只有兵部不负责军事事务，只管理与军事有关的工匠事，以及军粮的运输。
第五，尽管元朝的中央政府，机构庞大、官员众多，但实际上他们只是执行机关。真正的决策者，往往在这个官僚体系之外，它们一个是忽里台会议，一个是怯薛集团，而后者最为重要。