（1）、机构的设置比较合理和集中。尽管当时要对当前清官僚和立宪派作出平衡照顾，但实际设置的机构非“因人而立”，而是根据客观需要，将能合在一起的机构尽量归并。
（2）、实行总统垂直领导制。总长直接受总统指挥，次长也由总统“简任”，总长、次长各为1人，形成总统—总长---资长三层独任制的领导方式，避免了副职过多，纠缠不清的矛盾。
（3）、行政各部建制的顺序适应了当时形势的要求。因当时正处在战火末熄的非常时期，故各部顺序的排列以陆、海军部为首，尤以陆军部的地位最为重要。但是，由于受时代和历史条件的限制，南京临时政府的行政建制并不很完善，权限划分也比较粗放，带有较多的“临时”色彩。当然，与历代封建王朝的六部建相比，这毕竟是中国历史上第一个近代化的中央行政体系。