对于疫霉菌引起根腐病出现的萎蔫用药剂防治效果比较明显，一般只需用雷多米尔600倍液灌根1次～2次即可。每株西红柿需灌药液2两左右。
对于阴天浇水不当引起根腐病的防治，最主要的措施是在连阴天后的晴天时，不能使棚内的温度升得太快，要把草苫放下一部分适当遮阴，降低棚内的温度，减少蒸腾量，使植株有一个恢复过程。一般中午棚内的最高温度不要超过25℃。另外，为了防治病菌的侵染还要用药剂灌根。一般所用药剂为50％多菌灵，使用浓度是500倍液。