微生物分子生物技术可以给环境保护带来多个方面的发展和应用，主要包括：
①构建具有更强的降解能力的遗传工程菌，降解各种环境污染物，特别是难降解的环境污染物。
②利用分子标记技术跟踪监测降解微生物在环境中的行为。
③利用分子生物技术监测环境中的有害微生物。
④从分子水平上研究环境污染物对生物大分子（特别是DNA、RNA）的作用。
⑤选育转基因的优良动、植物品种减少农药、化肥用量，减缓环境污染。