病程持续时间约为4周，首先有伤寒表现，随着病程的进展临床表现有所不同。初期多起病缓慢，最早出现的症状是发热，常伴有全身不适、食欲减退、咽痛和咳嗽等症状。体温随病情进展逐渐上升日内达，于起病5~7日内达39~40℃，发热前可有畏寒，寒战少见，热退时出汗不显著。病程的第2~3周常有伤寒的典型表现：高热持续不退，多呈稽留热型，少数患者热型呈弛张热或不规则热；显著的纳差、腹部不适、腹胀，便秘多见，少数表现为腹泻，右下腹可有轻压痛；伤寒杆菌内毒素作用于中枢神经系统可引起患者精神恍惚、淡漠、呆滞、听力下降，严重者可有谵妄、昏迷或出现脑膜刺激征；脾大，质地软并有压痛，严重者可出现黄疸；部分病人皮肤可出现玫瑰疹，直径2~4mm压之褪色，分批出现，主要分布在胸、腹及背部、四肢，多在2~4日内消失。到了病程第3~4周，体温开始降，进入缓解期。患者食欲逐渐好转，腹胀逐渐消失，脾大开始回缩。随后，病程逐渐进入临床恢复期，体温恢复正常，食欲好转，一般在1个月左右完全恢复正常。
当伤寒患者并发中毒性心肌炎时，除上述表现外还可出现心率加快，而不是一般伤寒患者表现的相对缓脉。患者第一心音减低，心律不齐，出现舒张期奔马律，血压下降，严重者可有心脏扩大，心力衰竭。心电图显示P-R间期延长，ST-T有改变。这些改变随病情好转而恢复。