现阶段，我国社会保障基金管理体制是国家财政总监督下按照分类负责原则确立的部门分管体制。行政基金管理职能的政府职能部门主要有民政部、劳动和社会保障部、财政部、教育部、卫生部等政府职能部门及一些半官方机构、民间团体在自己的职责范围内行使着对一些基金的管理。民政部管理着多项财政性社会保障基金，包括救灾救济资金、国家福利资金、优抚安置资金等，各级民政部门既是行政管理职能部门，又是分配上述资金的部门，但在资金的调度方面，多数情况下需要同级政府的财政部门共同签署。劳动和社会保障部管理着包括养老、医疗、失业、工伤生育保险等基金在内的各项社会保险基金，该部门设置有专门的保险管理局（中心）作为管理组织，还专门设置了基金监察组织。财政部门管理着部分财政性保障基金，同时参与管理社会保险基金及民政部门管理的社会保障基金，该部门从中央到地方设置了专司社会保障财务的组织，其职责是对财政性社会保障基金进行预算，对社会保险基金通过设置财政专户进行直接监察。
教育部门管理着教育福利基金。卫生部门管理着公共卫生基金。一些自治或半自治机构亦承担着相应的社会保障基金管理责任。全国社会保障理事会作为中央社会保障（储备性）基金的管理机构，承担对这一基金的直接管理责任。