原核生物转录终止有依赖Rho因子与非依赖Rho因子两种方式。Rho因子有ATP酶和解螺旋酶两种活性，与mRNA、RNA-pol结合后使RNA-pol变构，从而使RNA-pol停顿不再前移，用解螺旋酶活性使RNA3’-端与模板链的DNA分开，从而RNA脱落。
非依赖Rho因子的转录终止主要依赖于RNA产物3’-端的茎环（发夹）结构及随后的一串寡聚U。茎环结构生成后仍被RNApol所包容，因而使RNA-pol变构而不能前进，polyU与模板polyA序列是最不稳定的碱基配对结构，当酶不再前移，DNA双链就要复合，从而使转录产物RNA链脱落。共同的道理是两种转录终止都是RNA-pol停顿和转录产物脱落，只不过是停顿和脱落的因素有别。

内含子：是隔断基因的线性表达而在剪接过程中被除去的核酸序列。

外显子：定义为断裂基因上及其初级转录产物上出现，并表达为成熟RNA的核酸序列。