基督教教育的负面影响主要表现在以下几个方面：
（1）它导致了中世纪教育思想的贫乏。教育思想渗透了神学的性质，使得由古代教育发展而来的优秀的教育思想中断了。
（2）它导致了学校形式发展的单一。它主要以教会学校为主，延缓了学校形式的变革和发展。
（3）它导致了教育目的以培养服从和信仰为主，从而在一定程度上扼杀了人类的理性精神。
（4）它导致了教育内容以宗教教育为主，同时也窒息了其他学科的形成和发展。