（1）系统开发跟不上需求的变化，系统开发周期过长。结构化方法的基本前提是能够在系统开发早期就冻结用户需求。
（2）逻辑设计到物理设计的过渡难度大。系统分析的结果直接转换为系统设计方案难度较大，需要开发人员根据实际情况并结合经验提出系统设计方案。
（3）文档化工作大。结构化方法在系统开发的每个阶段都要一起拿一个阶段的文档为基础，结构化方法编写文档的工作量很大。