学科课程具有如下缺陷或限制：
（1）由于学科课程是以知识的逻辑体系为核心组织起来的，这容易导致轻视学生的需要、经验和生活。代表着成人的世界、体现着成人的意志的逻辑知识与儿童的世界、儿童的需要和经验并非直接同一，过于强调逻辑知识势必导致漠视儿童的现实的需要和经验，导致死记硬背。再者，儿童的生活是一个有机整体，这个整体不能人为分解为“数学部分”、“语文部分”、“化学部分”、“历史部分”，等等，因此，过于强调学科课程也有可能导致肢解学生完整的生活。
（2）每一门学科课程都有其悠久的学术传统、都有其相对独立和稳定的逻辑系统，这容易导致忽略火热的当代社会生活的现实需要。
（3）学科课程也容易导致单调的教学组织和划一的讲解式教学方法。
学科课程变革起来难度较大，学科课程不是价值中立的，它体现着不同社会群体的利益，当某些学科纳入课程体系之后，既得利益者就会抗拒变革。再者，由于社会政治经济需要和市场价值的差异，不同学科课程之间存在着等级差别，这也阻碍着课程变革。