①侧重点不同：ISO14001标准侧重于管理，强调标准化的、集国内外环境管理经验于一体的、先进的环境管理体系模式；清洁生产着眼于全过程生产本身，以改进生产、减少污染产生为直接目标，因而两者内容差距较大。
②实施手段不同：ISO14001标准以国家法律法规为依据，采用优良的管理，促进技术改造；清洁生产则是直接采用技术改造，辅以加强管理。清洁生产有着非常明显的行业特点，某一清洁生产技术的成熟，即可在本行业内部推广；ISO14001标准却以管理模式分类，制定企业的环境方针，以体现企业的环境管理目标。
③审核方法不同：清洁生产审计以工艺流程分析、物能平衡等方法为主，确定最大污染点和最佳改进方法；环境管理体系审核侧重于检查企业自我管理状况，审核对象有企业文件、记录及现场状况等具体内容。
④依据和最终标准不同：清洁生产是以现有的生产技术和经济投入为基准，有较大的不确定性，没有最终标准；ISO14001标准是环境管理体系审核的依据，以各国适用的环保法规为基本要求，可以用证书的形式反映企业是否达到要求。
⑤国家管理办法不同：国家鼓励清洁生产，多由行业部门指导进行，从事清洁生产审计的人员没有专门的资格认可；而从事ISO14001系列标准审核认证的第三方机构必须得到国家认可，在认证机构中从事审核认证的人员也必须通过严格培训、考试方可上岗，同时，认证机构和审核人员都必须接受国家的例行管理和复审，以保证工作的客观、公正。
⑥产生的作用不同：清洁生产向广大生产管理和技术人员提供了一种新的环境保护思想，使企业环境保护的工作重点转移到生产过程中来；ISO14001标准则为管理层提供一种先进的管理模式，把环境管理纳入其全面管理之中，让所有员工意识到环境问题，并明确自己的职责。
⑦国际化趋势不同：清洁生产是国际环保技术交流的重要内容，很难国际化；ISO14001系列标准则是通过国际标准的方式，通过国际市场的环境需求来发挥作用。