蝴蝶的颜色，多体现在鳞片上。颜色的来源有两个：化学色和物理色。有些雄蝶，在翅的某一特定区域内，生有香鳞，其基部与香腺相连，顶端有细毛，能散发气味，吸引雌蝶。
1）化学色：又称色素色，是由于色素的存在而产生。色素存在于表皮层之中，因而又称为表皮色。其颜色的呈现决定于光波、波长和色素粒的化学成分。因此，色素粒的化学性质有所改变时，色素色就会由于氧化或还原等化学反应而褪淡，甚至消失。故蝴蝶标本应避免强光直射，最好是避光保存。
2）物理色：又称结构色，其颜色的呈现是由于鳞片表面的沟脊和鳞片的数量、距离、排列方式、角度等不同，而对光线产生不同的反射、折射、干扰等物理改变而产生，不受上述化学作用的影响，因而是颜色中最为永久的一种。物理色在不同的光线入射角和不同光源（如日光、灯光）下，可以产生不同的色彩。
3）混合色：是在具有色素基础的鳞片上又产生物理色，二者综合产生美丽变幻的色彩。蝴蝶的颜色多居于这一类。幻紫蛱蝶Apatura iris的翅呈黄褐色而有紫色闪光，其中黄褐色是色素色，紫色闪光是结构色。类似的例子很多，它们的真正色彩在照片中很难表现出来。照片中的色彩常常仅是结构色，而下面的色素色则没有暴露出来。