对于违反植物检疫法律法规的行为，植物检疫机构应当责令其改正，并可视情节依法施以行政处罚；情节严重、构成犯罪的，由司法机关依法追究刑事责任。
植物检疫机构实施的行政处罚措施主要包括以下几种：
（1）罚款：即给予违法当事人经济上的制裁，是植物检疫机构最常用的行政处罚形式。
（2）没收非法所得：对当事人以营利为目的的非法所得进行没收，可以是一部分也可以是全部没收。
（3）责令赔偿损失：违法当事人给相关单位或个人造成损失的，植物检疫机构可以对违法当事人做出责令赔偿损失的行政处罚。
（4）其他处罚：对违反《植物检疫条例》规定调运的植物和植物产品，植物检疫机构可视情况予以封存、没收、责令改变用途、销毁或者除害处理。所需费用由责任人承担。