国内植物检疫费由县级以上（含县级）农业行政主管部门所属的植物检疫机构收取，收取的检疫费应纳入单位财务管理，实行收支两条线。植物检疫机构按规定向主管部门和同级财政部门编报收支预算时，要包括检疫费收支计划，经批准后执行。各级植物检疫机构应到同级物价管理部门办理收费许可证，使用财政部门统一制定的收费收据。
植物检疫费应全部用于植物检疫机构的检疫事业开支。主要用于植物检疫试剂及必要的设备购置、维修保养、宣传及人员培训、疫情调查与封锁控制以及其他有关检疫事业所必须的开支，不得挪作它用，结余部分应按预算外资金进行管理。