疫区的划定由省级农业（林业）主管部门提出，报省级人民政府批准，并报国务院农业（林业）主管部门备案。疫区的范围涉及两省（自治区、直辖市）以上的，由有关省（自治区、直辖市）农业（林业）主管部门共同提出，报国务院农业（林业）主管部门批准后划定。
疫区应根据植物检疫性有害生物的生物学特性、传播情况、当地的地理环境、交通状况以及采取封锁、消灭措施的需要来划定，其范围应严格控制。