原核生物蛋白质合成与真核生物蛋白质合成的主要差别有：
（1）原核生物翻译与转录是偶联的，真核生物要将细胞核内转录生成的mRNA转运到细胞质才能进行蛋白质合成，因此，转录和翻不可能偶联。
（2）原核生物肽链的合成是从甲酰甲硫氨酰-tRNA开始的，真核生物的肽链合成是从甲硫氨酰-tRNA开始的。（3）原核生物肽链合成的起始依赖于SD序列，真核生物肽链合成的起始依赖于帽子结构。
（4）原核生物的mRNA与核糖体小亚基的结合先于起始tRNA与小亚基的结合，而真核生物的起始tRNA与核糖体小亚基的结合先于mRNA与小亚基的结合。
（5）在原核生物蛋白质合成的起始阶段，不需要消耗ATP，但真核生物需要消耗ATP。
（6）参与真核生物蛋白质合成起始阶段的起始因子比原核生物复杂，释放因子则相对简单。
（7）原核生物与真核生物在密码子的偏爱性上有所不同。
（8）真核细胞的翻译后加工比原核细胞复杂。