约翰逊把这种自花授粉的一个植株的自交后代称为纯系（purelinE.。严格自花授粉作物，由基因型纯合的个体自交产生的后代群体的基因型也是纯合的。在一个自花授粉植物的天然混杂群体中，通过选择可以分离出许多纯系，在混杂群体中进行选择是有效的；纯系间的显著差异是稳定遗传的；纯系内的差异是不遗传的，因而选择是无效的。但是，所谓纯系学也是相对的。首先，纯系概念是建立在单一性状基础上的，若从生物整体来看，完全纯合实际上是不存在的。其次，自然界中绝对的自花授粉也几乎是没有的，由于种种影响因素，总会出现某种天然杂交，导致基因重组。另外，自发突变也会改变基因的纯合。故此，所谓“纯”只是相对的、局部的和暂时的，对于非自交繁殖的动物更是如此，所谓“纯系内选择无效”的观点难以成立。前面已经指出，天然杂交和突变的存在，必然导致基因重组，产生新的变异，群体中变异的存在就是选择的基础。在实践中，尤其是对于那些经过长期种植和大面积推广的纯系品种，总会产生一些变异个体，因而可进行有效的再选择。例如，我国的稻、麦、棉中许多优良品种就是通过连续选择而育成的。