微生物肥料是靠微生物的作用发挥增产作用的，其有效性取决于优良的菌种、优质菌剂和有效的施用方法。因此微生物肥料合理施用的原则是：第一，要保证菌肥有足够数量的有效微生物；第二，要创造适合微生物生长的环境条件。
（1）微生物肥料必须选用质量合格的，质量低劣、过期的不能使用。菌肥必须保存在低温（适宜温度4－10℃）、阴凉、通风、避光处，以免失效。
（2）为尽量减少微生物死亡，施用过程中应尽量避免阳光直射；拌种时加水要适量，使种子完全吸附。拌种后要及时播种、覆土，且不可与杀菌剂或碳酸氢铵等碱性肥料混合施用。
（3）一般菌肥在酸性土壤中直接施用效果较差，要配合施用石灰、草木灰等，以加强微生物的活动。
（4）微生物生长需要足够的水分，但水分过多又会造成通气不良，影响好气性微生物的活动。因此，必须注意及时排灌，以保持土壤中适量的水分。
（5）微生物肥料中的微生物大多是好气性的，如根瘤、自生固氮菌、磷细菌、抗生菌等。因此，施用菌肥必须配合改良土壤和合理耕作，以保持土壤疏松、通气良好。
（6）微生物生长需要多种养分。因此，必须提供足够的氮磷钾及微量元素。例如豆科作物生长和根瘤的发育，提高固氮量；施磷肥能发挥“以磷固氮”的作用；适量的钙钾磷肥营养有利于微生物的大量繁殖；钼是根瘤菌合成固氮酶必不可少的元素，钼肥与根瘤菌肥配合施用，可明显提高固氮效率。