农村税费改革要想取得彻底成功，既要对自身改革不断进行深化和完善，还要进行其他配套措施的完善。
（一）继续坚持减免农业税（特产税）的政策。
减免农业税（特产税）是给予农民的实实在在的实惠，应该继续坚持下去。当农村经济长足发展，城乡收入差距缩小到一个可接受的范围后，再考虑城乡统筹发展下的农民该交纳什么税，怎么交的问题。
（二）建立健全农村公共产品的供给制度。
要落实对农业、农村“多予、少取、放活”的方针，将国民收入分配向农业和农村倾斜，通过调整财政资金和国债资金投资重点，大力增加农村公共基础设施投入，将属于国家财政投资建设范畴的公共产品真正由财政承担其资金。同时，研究农村社区内部的公共产品筹资和供给机制，将应由农民投资建设的公共产品由农民承担其建设责任，从而保障农村居民有一个良好的生产和生活环境。
（三）进一步改革县乡行政管理体制。
切实精简需要由财政供养的人员，减少财政压力。
（四）清理乡村债务，解决历史遗留问题。
要全面清理核实债权、债务，搞清债权、债务的数额及形成原因，分清债务责任，将债务具体落实到债务人，明确划分出哪些债务由乡镇承担，那些债务由村或农民承担，然后，具体问题具体分析和解决。并要防止出现新的债务。
（五）加大财政转移支付的力度。
加大财政转移支付力度能够支持进行农村税费改革的地区的工作。这有利于缓解这些地区的财源不足的问题，并保证农村税费改革的成果不被侵蚀，为农村税费改革创造宽松的外部条件。
（六）关注和支持农村义务教育问题。
现在的农村义务教育管理体制是以县级政府管理为主，这有利于保障农村义务教育办公经费和教师工资。但是要防止由于税费改革后的资金紧张而造成挪用义务教育经费的问题。
以上是解决农村税费制度改革中存在的问题的阶段性对策，从统筹城乡发展的角度看，农村税费制度改革应和城市的税制改革统筹考虑，其最终目标是消除城乡二元税制结构，实行城乡统一的税收制度。