第一个特点：即起始浓度较低而杂质又较多，最后成品要求达到纯度又较高，因此常需多步纯化操作。一个包含6步操作的纯化过程，即使每步作都较完善，收率达到90%，总收率也只有53%。可见，尽量减少提取步骤是相当重要的。
第二个特点：是欲提取的生物物质通常很不稳定，遇热、极端pH值、有机溶剂会引起失活或分解，特别是蛋白质的生物活性与一些辅因子（cofactor）、金属离子的存在和分子的空间构型有关。一般认为剪切力（shear）会影响空间构型和使分子降解，对蛋白质的活性影响很大。最近的研究则表明，当蛋白质分子处于气液交界面上或与膜结合的蛋白质均对剪切力较敏感，而溶解的蛋白质则受影响较小。
第三个特点：是发酵或培养都是分批操作，且微生物总有一定的变异性，故各批发酵液不尽相同，这就要求下游加工有一定的弹性，特别是对染菌的批号，也要求能处理。

移入的种子液体积和接种后培养液体积的比例称为接种量。

表面活性剂分散于连续有机相中一种自发形成的纳米尺度的聚集体。

是微生物代谢产生的，而与菌体生长、繁殖无明确关系的代谢产物，它们的生物合成有种的特异性。

是微生物生长繁殖所必须的代谢产物，它们的生源和生物合成过程在各种微生物体内基本相同。

实罐灭菌又称分批灭菌，是将饱和蒸汽直接通入装有配制好的培养基的发酵设备中进行灭菌的一种方法，简称实消。

空罐灭菌又称空消，是指将饱和蒸汽通入未知培养基的发酵罐或种子罐内，进行罐体湿热灭菌的过程。