抗生素发酵过程需要不断的通入无菌空气，如果空气净化处理不当常招致大面积染菌。造成空气系统污染的原因只要有以下几方面。
（1）空气在压缩冷却过程中可析出大量水分，必须注意冷却后空气的定期放水，空气带水易使过滤器失效而发生染菌。
（2）设备年久失修、穿孔亦是导致空气系统染菌的重要原因。
（3）进入过滤器之前空气未有升温，或者虽有加温装置但管道较长，边加温，边冷却，没有起到加温空气使空气中相对湿度降低的效果，导致空气过滤介质受潮，滤菌效果下降。
（4）使用棉花活性炭为总过滤器介质时，装垫密度不合要求，铺垫不均匀，灭菌操作不当等造成介质被吹翻空气走短路，造成空气系统污染。
（5）使用超细纤维纸作空气过滤介质时，滤纸强度差，加之装垫不当，灭菌操作时蒸汽流量过大，冷凝水过多，使滤纸破裂，均可使空气过滤系统失效。