发酵染菌都影响抗生素的产量，但影响程度会有不同，污染某些杂菌会阻滞抗生素的合成，而污染有一些杂菌则对抗生素的合成没有影响，即使染菌不影响抗生素的合成，然也会与正常产生菌争夺养料，使菌种生长不良，杂菌的生长又会改变发酵液的PH值，产生有毒代谢物，产生降解抗生素的酶类，以及使发酵液粘度增加，导致难以过滤，使抗生素产量降低。

发酵染菌，除了细菌以外，还有放线菌、霉菌、酵母菌和噬菌体等。

发酵染菌主要污染细菌，包括球菌、杆菌、芽孢杆菌等。

抗生素生产过程污染杂菌称为染菌。