市管县体制在本质上仍然是一种地方政权的存在形式，其所构成的区域在本质上还是一种城市行政区，而非城市经济区。尽管城市的行政范围扩大了，并取得了对周围地区实施行政与经济管理的合法手段，但仍旧沿用传统的行政管理手段、管理方式对周围地区进行经济管理，因而只是在形式上与客观存在的经济区保持一致，但在内涵上却没有得到真正的统一，城市的中心作用仅流于一种形式。
市县之间却存在着相当普遍的利益冲突。市管县体制使得原来没有上下级行政隶属关系的平行市县有了明确的等级关系，在牵涉到相互之间的利益时，大市就不可避免地会利用其有利的行政地位运用各种手段争夺县的利益，市县之间的经济摩擦不断产生，重复建设、同构竞争等行为越演越烈，从而导致整个地区经济的严重内耗，降低整个地区对外的竞争能力。市管县体制不仅没有改变我国一直存在的用行政手段干预经济发展的局面，反而在某些方面加剧和纵容了这种倾向。