生态系统可以划分出两级结构水平：一级结构水平，是指组成生态系统的一级成分，如生产者、消费者和分解者等；二级结构水平，是指组成生态系统一级结构的各个成分及特征，如生物种类，以及种群及群落层次的变化等。
（1）一级标志（结构缺损）结构缺损是指生态系统缺损一个或几个组成成分，使生态平衡破坏，系统崩溃。
（2）二级标志（结构变化）结构变化是指生态系统某一成分的结构发生变化。如生物种类减少，种群数量下降，层次结构变化等，引起生态平衡的失调。它可以在以下四个方面表现出来：1.生产者（植物群落结构）；2.消费者（动物种群结构）；3.分解者（微生物结构）；4.非生物环境（系统中各种非生物成分的级成和结构）。