在肠道内寄生的寄生虫主要有溶组织内阿米巴（滋养体和包囊）、蓝氏贾第鞭毛虫（滋养体和包囊）、隐孢子虫（卵囊）、结肠小袋纤毛虫（滋养体和包囊）、链状带绦虫（成虫）、肥胖带绦虫（成虫）、微小膜壳绦虫（成虫）、曼氏迭宫绦虫（成虫）、布氏姜片吸虫（成虫）、似蚓蛔线虫（成虫）、钩虫（成虫）、毛首鞭形线虫（成虫）、蠕形住肠线虫（成虫）、旋毛形线虫（成虫）。

可引起肝脾肿大的寄生虫主要有杜氏利什曼原虫、疟原虫、刚地弓形虫、日本血吸虫。