（1）微生物和寄生虫卵污染。蔬菜栽培，利用人畜的粪、尿作肥料，可被肠道致病菌和寄生虫卵污染。在收获、运输和销售过程中卫生管理不当，可被肠道致病菌和寄生虫卵污染，一般表皮破损严重的水果大肠杆菌检出率高，与肠道传染病的传播有密切关系。
（2）工业废水和生活污水污染。用生活污水灌溉菜田可增加肥源和水源，提高蔬菜产量，并使污水在灌溉中得到净化，减少对水体的污染。但未经无害化处理的工业废水和生活污水，可使蔬菜受到其中有害物质的污染。废水中的有害物质还可影响蔬菜的生长。
（3）农药残留。使用过农药的蔬菜和水果在收获后，常会有一定量农药残留，如果残留量大将对人体产生一定危害。绿叶蔬菜尤其应该注意这个问题。
（4）腐败变质与亚硝酸盐含量。蔬菜、水果含有大量的水分，水分中又溶有大量的营养物质，适宜于细菌、霉菌等微生物的生长。水果组织脆弱，轻微的机械作用就可导致损伤，发生组织溃破及微生物性腐烂；采收后，生命活动仍在旺盛地进行，表现为产热、产水，当储藏条件稍有不适，极易腐败变质。肥料和土壤中氨氮除大部分参加了蛋白质合成外，还有一小部分通过硝化及亚硝化作用形成硝酸盐及亚硝酸盐。正常生长情况下，蔬菜水果中硝酸盐与亚硝酸盐的含量是很少的，但在生长时干旱、收获后不恰当的环境下存放或腌制时，硝酸盐与亚硝酸盐的量即有所增加。蔬菜中硝酸盐与亚硝酸盐含量多时，一方面引起作物的凋谢枯萎，另一方面人畜食用后就会引起中毒。

食品放射性污染是指食品吸附或吸收了外来的（人为的）放射性核素，使其放射性高于自然放射性本底而造成的食品污染。

食品农药残留是指由于使用农药而对食品造成的污染（包括农药本体物及其有毒衍生物的污染）。