改革的指导思想是，紧紧围绕建立社会主义市场经济体制需要和配套推进国有企业改革的要求，着眼于建立一个新的职工基本医疗保险制度，本着大的目标统一，具体办法体现差别的精神，在大的方面明确改革的目标、原则和基本政策，在具体办法和步骤上根据当前各地改革的现状和具体实际，鼓励各地从实际出发积极探索改革途径和办法，稳步启动，保证改革的平稳过渡。
这种指导思想主要体现在：
一是确定制度框架既明确改革的任务和原则，又要符合当前改革的需要；
二是制定改革政策既明确大政方针，又要照顾各地实际，允许探索，体现差别；
三是确定基本医疗保险水平既充分考虑财政和企业的实际承受能力，又要适当照顾不同人员现有的医疗待遇；
四是制定医疗费用管理办法既要严格控制医疗费用不合理增长，切实加强医疗机构费用管理，遏制浪费，又要尊重医疗自身规律，简化结算，方便就医。