一个矩阵，矩阵中的每一个数表示某个特定的氨基酸占据多序列比对中某个位置的频率。

在一个带全正电的分子和另一个带全负电的分子之间发生的相互作用。

通常指侧链上包含氧和（或）氮并且很容易和水形成氢键的氨基酸。

指被自然选择接受的突变。

对三个或三个以上基因或生物体之间的进化关系的图形化表示。

连接一个核苷酸的磷酸基团和另外一个的脱氧核糖的共价键。

是一种统计方法，主要根据观察到的一个或多个序列模式来对序列进行分类。

指只需少量突变事件激发就可以使一条进化路径比其他路径更有优先权的过程

那些具有相似性的序列，它们都是被复制的祖先基因的后裔。