微吸管分离法、微水滴分离法、平板分离法。

过滤法清除大型敌害生物；
使用药物抑制或杀灭敌害生物；
改变环境条件杀灭敌害生物。

培养用水、空气、容器和工具、肥料或营养盐、昆虫和不严格的操作。

营养盐耗净；
二氧化碳供应不足；
培养液酸碱度改变；
藻类细胞浓度过密，光照不足；
藻类代谢废物的自体抑制。

选择处于指数增长阶段的优良藻种；高比例接种；保持新旧培养液组成的相对稳定。