治疗阿米巴痢疾和肠外阿米巴病，甲硝唑均为首选药物，但是单用甲硝唑治疗，有时达不到根治目的。单用依米丁治疗急性阿米巴痢疾，治愈率不超过15％，停药后约50％的病例转为慢性阿米巴痢疾或无症状带虫者。因此，治疗阿米巴病时多采用联合用药，通带以甲硝唑为主药，再加下述药物中的一种：双碘喹啉、氯碘羟喹、喹碘方、二氯尼特。若治疗阿米巴肝炎或阿米巴肝脓肿，除了甲硝唑外，还可选用氯喹。