直接证据和间接证据的运用规则有：
（1）严禁刑讯逼供和以威胁、引诱、欺骗以及其他非法方法收集证据；
（2）必须在法庭上经过控辩双方的询问、质证，经过查实以后，才能作为定案的根据；
（3）孤证不能定案；
（4）直接证据必须得到间接证据的印证，才能认定案件事实。