（1）保护机体屏障作用：保护机体皮肤和粘膜的完整性，防止细菌等病原体侵入机体。尽量减少侵入性操作和各种导管的留置时间。
（2）避免扰乱宿主正常菌群：正常菌群相互之间存在拮抗作用，正常菌群的相互作用可以防止病原菌在皮肤粘膜上的定植和感染，如鼻腔鼻粘膜正常菌群可抑制金黄色葡萄球菌的定植，口腔菌群能抵抗链球菌定植，肠道菌群能抵抗肠道致病菌的定植。抗菌药物可扰乱正常菌群组成，尤其是广谱、强效的抗菌药物和对厌氧菌有抗菌作用的抗菌药物，可导致人体正常微生态平衡的失调。
（3）积极治疗潜在性感染，凡接受细胞毒药物或可能发生粒细胞减少症的病人均应全面检查有无感染病灶如龋齿、鼻旁窦炎、无症状泌尿道感染、反复发作的皮肤感染、肛裂等。检查金黄色葡萄球菌、沙门菌、肺炎链球菌、粪类圆线虫、溶组织阿米巴等病原体的带菌状态；检查有无巨细胞病毒、疱疹病毒、弓形虫等潜在性感染。有以上情况者，在降低机体免疫功能前，如造血干细胞移植、肝脏移植、肾移植前，应进行有效治疗。
（4）采取保护性隔离措施，切断感染途径。病人可隔离在单独的病室或层流洁净病室中。不仅要控制空气源感染，还必须注意接触隔离和食源性感染。
（5）采用选择性脱污染措施减少内源性感染：如对肠道进行选择性脱污染只消除或抑制肠道内需氧革兰阴性杆菌，尽量减少对病原体定植有抑制作用的厌氧菌的影响。在选择脱污染的药物时，应考虑其抗菌谱及对厌氧菌的作用、脱污染效果，适应证、药动学特性、耐药性、不良反应，尤其是与细胞毒药物合用时的毒性等因素。