（1）现代的硬骨鱼和大多数软骨鱼都有5对鳃弓、5对鳃裂。
（2）软骨鱼类的鳃裂直接开口于体表；硬骨鱼类的鳃裂经鳃腔通体外，鳃腔外覆有鳃盖骨，其边缘附有鳃膜。
（3）软骨鱼类的鳃弓后缘生有发达的鳃间隔一直延伸至体表，其间有软骨条支持；硬骨鱼类的鳃间隔退化。
（4）软骨鱼类的鳃片较短，且两片鳃片的长短不一致；硬骨鱼类的鳃片较长，且两片鳃片的几乎等长。
（5）软骨鱼类的鳃耙较短，硬骨鱼类的鳃耙较长。
（6）软骨鱼类的鳃弓较小，硬骨鱼类的鳃弓较大。