十七世纪中叶，五世达赖与四世班禅一起协商，为了使格鲁派在藏族地区站住脚跟，决定把势力强大的青海蒙古和硕特部固始汗引入西藏，尽夺当时掌管西藏事务的噶玛巴（藏巴汗）的一切权力归于五世达赖，五世达赖是个有政治头脑的人物，他把新崛起的清王室作为靠山，1642年，派专使到沈阳与清王室通好，1652年，五世达赖到北京晋见清顺治皇帝。1653年清廷对五世达赖和固始汗正式册封，确定了达赖喇嘛的权力，从此，格鲁派走上了西藏的政治舞台。但是，当时西藏的统治势力实际上有两个系统，达赖喇嘛只掌握宗教大权，而政权军权却握在固始汗手中，传到拉藏汗时，格鲁派政治宗教集团与蒙古和硕特部军政集团之间，发生了权力之争，先是唇枪舌剑，最后兵戒相见，拉藏汗杀了第巴桑吉嘉措，清廷支持了拉藏汗。1717年，新疆蒙古准噶尔部又侵入了西藏，杀了把持西藏军政大权七十多年的和硕特部在西藏的最后一个首领拉藏汗。清朝两次派兵征讨，全部驱逐了入侵的噶尔军队。设立了四噶伦制。