循证医学的主要应用如下：
（1）管理医疗：对同类病人的诊断、治疗方法进行规范化管理称为管理医疗。管理医疗的实施将有效地提高医疗工作效率和减少医疗开支，而管理医疗就是根据循证医学的原则制定的。
（2）卫生政策：美国、加拿大、澳大利亚等国均利用循证医学的系统评价结果，制定了癌症和一些其他疾病的治疗指南。
（3）卫生技术评价：用系统评价的方法对卫生技术的有效性、安全性、经济性和社会影响进行综合分析评价，为卫生行政部门决策提供依据。
（4）指导临床实践：循证医学通过对资料的临床系统评价，按照特定的病种和疗法找出可靠的结论，指导临床实践。例如，丹麦根据系统评价结果，取消了对孕妇进行常规超声波检查的规定，有些国家还取消了术前常规进行胸透的规定，从而节约了大量的人、财、物。
（5）药物研究与应用：近年来，许多药厂和医院通过循证医学的方法了解药物研究的趋势，确定药物的临床疗效及科学使用方法，收到良好效果。

个体化诊断：将被检个体的基因背景及病生状态的综合分析的结果应用于该个体的预防、诊断和治疗上，这种诊断称为个体化诊断。

荟萃分析：又称为汇总分析。这是一种将收集到的已完成临床研究的结果，进行系统、定量和定性的综合性统计分析的方法。