细菌在合成代谢过程中，除合成菌体自身成分外，还能合成一些其他代谢产物。
（1）热原质：许多细菌能合成一种物质，注入人体或动物体能引起发热反应，故称为热原质。热原质即菌体中的脂多糖。热原质耐高温，高压蒸气灭菌亦不被破坏，需在250℃高温下干烤才能被破坏。用吸附剂和特制石棉滤板可除去液体中的大部分热原质。
（2）毒素和侵袭性酶：细菌产生的毒素有内毒素和外毒素两种。某些细菌还能产生具有侵袭性的酶，能损伤机体组织，如链球菌的透明质酸酶等。
（3）色素：某些细菌在一定条件下能产生各种颜色的色素，不同细菌可有不同色素，在细菌鉴别上有一定意义。（4）抗生素：某些微生物在代谢过程中能产生一些抗微生物的物质，称为抗生素。它能抑制或杀死某些微生物和癌细胞。抗生素大多由放线菌和真菌产生。
（5）细菌素：是某些细菌菌株产生的一类具有抗菌作用的蛋白质。与抗生素不同，细菌素作用范围狭窄，仅对与产生该种细菌素的细菌有近缘关系的细菌才有抗菌作用。