（1）一级结构的加工修饰：
1）切除N端甲酰蛋氨酸或蛋氨酸。
2）氨基酸的修饰，包括羟基化、糖基化、磷酸化和甲基化等。
3）经特异的氧化酶催化，空间靠近的两个Cys相连成二硫键。
4）从非活性的蛋白质前体切除部分肽段，如胰岛素原→胰岛素。
（2）高级结构的形成：
1）在辅助的酶与分子伴侣协助下形成特定的空间构象。
2）亚基的聚合。如正常成人血红蛋白（HbA.由2条α链、2条β链和4个血红素分子聚合而成。
3）辅基、辅酶的连接。如丙酮酸脱氢酶复合体由3种酶和5种辅助因子（3辅酶、2辅基）组成。
（3）分泌性蛋白质：如血浆清蛋白、免疫球蛋白和催乳素等，在细胞的粗面内质网合成时都在其氨基端带有一段由15～30个氨基酸残基构成的信号肽。它的作用是将合成的蛋白质移向胞膜并与胞膜结合，再输送其至胞外。信号肽随即返回内质网腔后，被信号肽酶切除。