（1）限速酶、变构酶：细胞内许多代谢途径，均由一系列连续反应构成，而反应速度最慢的一步可控制全途径的总速度，称为限速步骤，催化此步骤的酶为限速酶。大多数限速酶受配体（ligands）调节，限速酶与配体结合后能引起构象改变，进而致使其催化活性改变。故限速酶即是变构酶或称别位酶（allosteric｜enzymE.。
（2）同工酶：指催化相同的生化反应，而酶蛋白的分子结构、理化性质甚至免疫学性质不同的一组酶。同工酶的变化有助于某些疾病的临床诊断，如血清中磷酸肌酸激酶（CPK）和乳酸脱氢酶（LDH）的同工酶检测，可用于心肌梗死的早期诊断。
（3）酶原：有些酶在细胞内合成或初分泌时无活性中心或活性中心被掩盖，因此不表现酶活性。这种无活性的前身物称为酶原。从酶无活性状态转化成有活性的过程，称为酶原的激活，如胃蛋白酶原在pH值1.5时可变成胃蛋白酶。