酶和其他蛋白质一样，有其特定的1～4级结构。仅由氨基酸残基构成的酶，称为单纯酶。其中如核糖核酸酶由一条肽链组成，叫做单体酶（mono-meric｜enzymE.；而另一些酶含有多条肽链，则称为寡聚酶（oligomeric｜enzymE.。结合酶是指酶蛋白与辅助因子结合而形成的复合物（即全酶）。辅助因子又可分为辅酶和辅基。辅酶与酶蛋白呈疏松结合，可借助透析或超滤技术除去，多种辅酶是B族维生素；辅基常为金属离子或小分子有机化合物，它们与酶蛋白结合紧密，不能用透析或超滤除去。