蔬菜、水果污染主要是来自农药、工业废水、亚硝酸盐的化学污染及来自粪便的微生物与寄生虫污染。
⑴微生物和寄生虫卵污染
蔬菜水果易受肠道致病菌及酵母菌、霉菌、乳酸菌、醋酸菌等污染，引起新鲜果蔬变质的微生物一部分是其本身的病原微生物，还有采收后运输储藏过程中侵入的腐生微生物，一方面可造成腐败变质，另一方面可引起人体肠道疾病。施用人畜粪便和生活污水灌溉菜地，蔬菜中肠道致病菌和寄生虫污染较为严重。
⑵农药污染
蔬菜、水果使用农药较多，在蔬菜水果上的残留较多，农药的污染成为化学性污染最严重的方面，可检出敌百虫、敌敌畏、甲胺磷、乐果、对硫磷5种农药，甲胺磷广泛存在于各类蔬菜水果中，且含量较其他检出的农药高，部分水果检出了不得含有的对硫磷，这些都是滥用和不合理使用农药所致。
⑶工业废水污染
工业废水中往往含有毒化学物质如酚、氰化物、重金属、有机农药等，直接灌溉菜地，毒物可通过蔬菜进入人体造成危害。
⑷亚硝酸盐
在生长时碰到干旱、收获后不合理或长期存放、土壤长期过量使用氮肥，硝酸盐及亚硝酸盐含量有所增加。尤其是贮存蔬菜及蔬菜的制品，亚硝酸盐含量增加，对人体产生不良影响。
蔬菜、水果卫生管理
⑴防止蔬菜水果腐败变质
蔬菜水果含水分较多，组织脆弱，易受损伤而腐败变质。新鲜的蔬菜水果都是活体，采收后生命活动仍在进行，低温储藏延缓衰老是保持新鲜度的关键，一般可采用冷藏、速冻，结合保鲜剂、辐照的办法延长保藏期并改善商品质量。
⑵防止致病菌及寄生虫污染
人畜粪便应进行无害化处理，采用沼气法比较适宜；推行蔬菜摘净残叶、去除烂根、清洗干净后包装上市，生食蔬菜应清洗烫漂或化学法消毒净化；工业或生活污水应先沉淀驱除寄生虫或采用地下灌溉的方式，避免污水与蔬菜直接接触。
⑶控制农药残留
应限制使用残效期长的农药，甲胺磷、对硫磷等高毒农药不允许使用；选用高效低毒低残留农药，并选用杀虫效果好的最低剂量；根据农药的毒性和残效期，确定使用次数、剂量和安全间隔期（最后一次使用距收获的天数）
⑷控制有害化学物质污染
对利用含有汞、镉、砷、酚、有机氯等有毒物质的工业废水时应慎重，应进行无害化处理并尽量采用地下灌溉。减少硝酸盐和亚硝酸盐的主要办法是合理的田间管理及采后低温储藏，吃蔬菜腌制品时要避开硝酸盐和亚硝酸盐的高峰期。