食品在煎炸和烧烤时，处在它表面的蛋白质会经受200℃以上的温度，此时蛋白质和氨基酸会热解产生一些具有致突变致癌的杂环胺类护化合物如氨基咪唑基氮基杂芳烃、氨基咔啉等。
蛋白质的碱处理通常是在40℃—80℃的温度下，将蛋白质在0.1—0.4N的NaOH溶液中浸泡数小时，经碱处理后，能引起变化的氨基酸有赖氨酸、丝氨酸、半胱氨酸和精氨酸。如大豆蛋白pH为12.2，在40℃下加热4h，胱氨酸、赖氨酸逐渐减少，并有赖氨基丙氨酸生成。赖氨基氨酸几乎不被人体吸收。随着温度的升高、时间的延长，赖氨基丙氨酸的生成量也增加。在更强的碱处理下，温度超过60℃还会引起丝氨酸的减少。同时精氨酸亦可被分为脲素和鸟氨酸。在碱处理的过程中，还可使精氨酸、胱氨酸、丝氨酸的赖氨酸发生构型变化，由L—型变为D—型，营养价值降低。
脂类在超过200℃时可发生氧化聚合，影响肠道的消化吸收，尤其是高温氧化的聚合物对肌体甚为有害。在食品加工中，高温氧化的聚合物很少出现，那些氧化后足以危害人体健康的油脂和含油食品，大都因为它们的感官性状变得令人难以接受而不再被食用。然而值得提出的是，在食品加工和餐馆的油炸操作中，由于加工不当，油脂长时间高温加热和反复冷却后再加热使用，致使油脂颜色越来越深，并且越变越稠，这种黏度的增加即与油脂的热聚合物含量有关。据检测，经食品加工后抛弃的油脂中常含有高达25％以上的多聚物，应当引起注意。