（1）富营养化
的微生物修复富营养化湖泊的生物修复分为：强化土著微生物功能的曝气修复添加外来微生物的投菌剂修（2）富营养化的水生植被修复
水生植被修复包括人工强化自然修复与人工重建水生植被两条途径。
前者是通过对湖泊环境的调控来促进湖泊水生植被的自然恢复。后者则是对已经失去自动恢复能力的湖泊，通过生态工程途径重建水生植被。
（3）富营养化的生物操纵修复
生物操纵：人为去除鱼类投放肉食性鱼类水生植被管理投放微型浮游动物投放细菌微生物投放植物病原体和昆虫
（4）底泥环境疏浚修复
群落配置通过人为设计，将欲恢复重建的水生植物群落，根据环境条件和群落特性按一定的比例在空间分布、时间分布方面进行安排。