1）Bcl-2家族与细胞凋亡。bcl-2是一种原癌基因，是ced-9基因在哺乳类中的同源物，能抑制细胞凋亡。Bcl-2蛋白的羧基末端有一个疏水跨膜结构域，Bcl-2可借此结构与线粒体及内质网膜相结合；Bcl-2、Bcl-x可维持线粒体结构和功能的稳定性，还可与细胞色素c相结合，抑制线粒体释放细胞色素c，因而抑制细胞凋亡。
2）p53基因与细胞凋亡。p53是肿瘤抑制基因，其产物主要存在于细胞核内。人类肿瘤有50％以上是由p53基因的缺失造成的。正常发育过程中出现的各种细胞凋亡并不要求P53的参与，只有部分细胞凋亡依赖于P53蛋白的积累，是因为在这些细胞中，P53蛋白能特异地的抑制Bcl-2的表达，促进Bax的表达（P53蛋白是Bax基因的直接的转录活化因子），从而发挥诱导凋亡作用。
3）Caspase家族与细胞凋亡。Caspase是一种蛋白水解酶，能特异性识别切割靶蛋白天冬氨酸残基后肽键，活性位点均包括半胱氨酸残基，切割结果使靶蛋白结构和功能遭到破坏，导致细胞凋亡。