线粒体的蛋白质合成与与真核细胞不同：其一，线粒体蛋白质合成时，mRNA的转录和翻译这两个过程几乎在同一时间和地点进行，而真核细胞的mRNA的合成是在细胞核内，蛋白质合成需等待mRNA进入胞质后才能进行；其二，线粒体蛋白质合成的起始tRNA为甲硫氨酰tRNA；其三，线粒体的蛋白质合成系统对药物的敏感性与细菌一致，而与细胞质系统不一致，如氯霉素可抑制细菌和线粒体的蛋白质合成，而不抑制细胞质基质中的蛋白质合成。放线菌酮抑制细胞质基质中的蛋白质合成，而不抑制线粒体和细菌的蛋白质合成。