1）内共生起源学说论点：
叶绿体起源于细胞内共生的蓝藻，其祖先是原核生物的蓝细菌（Cyanobacteria），即蓝藻；线粒体的祖先-原线粒体是一种革兰氏阴性细菌。
主要论据：
⑴基因组在大小、形态和结构方面与细菌相似；
⑵有自己完整的蛋白质合成系统，能独立合成蛋白质，蛋白质合成机制有很多类似细菌而不同于真核生物。
⑶两层被膜有不同的进化来源，外膜与细胞的内膜系统相似，内膜与细菌质膜相似。
⑷以分裂的方式进行繁殖，与细菌的繁殖方式相同。
⑸能在异源细胞内长期生存，说明线粒体和叶绿体具有的自主性与共生性的特征。
⑹线粒体的祖先很可能来自反硝化副球菌或紫色非硫光合细菌。
⑺发现介于胞内共生蓝藻与叶绿体之间的结构--蓝小体，其特征在很多方面可作为原始蓝藻向叶绿体演化的佐证。
2）非共生起源学说论点：
真核细胞的前身是一个进化上比较高等的好氧细菌。解释了真核细胞核被膜的形成与演化的渐进过程。
⑴实验证据不多
⑵无法解释为何线粒体、叶绿体与细菌在DNA分子结构和蛋白质合成性能上有那么多相似之处
⑶对线粒体和叶绿体的DNA酶、RNA酶和核糖体的来源也很难解释。
⑷真核细胞的细胞核能否起源于细菌的核区？