微生物在农业生产中有多方面的应用，从而促进了大农业（农、林、牧、副、渔）的发展，如以菌治虫，以菌治病，以菌治草（微生物治草剂）；以菌增肥，以菌促长（如赤霉素等促进植物生长）；以菌当饲料（包括饵料）；以菌当药物（药用真菌）；以菌当蔬菜（食用菌）；以及以菌产沼气等。

通常将那些产生次级代谢产物能力强的类群称为药源微生物。

是研究微生物群体与其周围的生物和非生物环境条件间相互作用规律的学科。

单细胞微生物群体通过分裂使群体数目或质量增加的过程。