蓝氏贾第鞭毛虫寄生人体引起腹痛、腹泻、消化不良。致病机理主要为：
（1）损伤肠粘膜滋养体寄生于人体小肠，其吸器的附着作用可损伤肠粘膜微绒毛、影响消化吸收功能。
（2）机械屏障作用当大量滋养体附着肠粘膜时，可形成屏障，从而影响营养物质吸收。由于蓝氏贾第鞭毛虫的寄生可引起肠功能紊乱，产生脂肪痢等。
（3）肠内细菌的协同作用可加重贾第虫病。
（4）还可能引起胆囊炎或胆管炎。