用测序的数据组装成转录本。有两种组装方式：1，de-novo构建；2，有参考基因组重构。其中de-novo组装是指在不依赖参考基因组的情况下，将有overlap的reads连接成一个更长的序列，经过不断的延伸，拼成一个个的contig及scaffold。常用工具包括velvet，trans-ABYSS，Trinity等。有参考基因组重构，是指先将read贴回到基因组上，然后在基因组通过reads覆盖度，junction位点的信息等得到转录本，常用工具包括scripture、cufflinks。

是进化树中处于一组被分析物种之外的，具有相近亲缘关系的物种。

指在进化树上任何一个分支节点，一个父分支都只能被分成两个子分支。

通过一组相关的基因或者蛋白质的多序列比对或其他性状，可以研究推断不同物种或基因之间的进化关系。